部岩功德院主祀清水祖師，原為資福院，起建於南唐時期（西元937年），傳說清水祖師於18歲在此寺院出家、修行，後行腳各地救世於天下。
西元2002年清水祖師托夢台灣彰化慈清岩信士，希望能協助復建清水祖師的出家聖地，經眾信士四處尋找，終在2004年找到遺址並在2米深的地下發現昔日的地基，遂於舊址進行重建，西元2007年正式入火，緊接著2009年三寶殿正式落成入火部岩功德院主祀清水祖師，送子觀音，濟公禪師。三寶殿奉祀釋迦摩尼佛、藥師佛及阿彌陀佛。
2010年海峽兩岸首次舉辦清水祖師來台巡香文化交流活動，特邀請安溪清水岩二祖師及部岩功德院二祖師來台巡香一個月，所到之處萬人空巷，極至殊勝。近幾年更是台灣宮廟至大陸進香的熱門地點，也是當地居民重要的信仰中樞。