楠梓土庫清福寺主祀清水祖師、二祖師、三祖師，配祀池府千歲等諸神。
清水祖師在塗庫庒之由來眾說紛紜，皆由歷代耆老口耳相傳至今，除官方鳳山縣誌、鳳山採訪冊稍加註記外，並無其他記載。

現今能證明年代，為咸豐元年（1851）置廟產之石碑：「塗庫庄祖師公」石碑文，目前仍保有流傳。

除石碑為證外，另有一個明朝永曆之三界公爐可為佐證。

歷代清水祖師顯神威之流傳故事，非常之多。廟產之「大湖堀」便是其一。

「堀水」終年不斷且冬天仍冒煙霧為溫水，相傳為一靈穴，而堀水正好直照觀音山，耆老們說此為觀音照影穴，高雄市文獻委員會「打狗歲時記」也有註記，塗庫庒此地粘土適合燒漁網的土錘，經年累月掘成一個八九分大的塗庫窟，所產本地之鯽魚為全鳳山廳排第三名，美味極佳。


再云，清水祖師在日據時代，日本人禁止百姓拜神，宮廟之神明金尊皆由眾耆老保藏，其中三清水祖師在王老家衣櫥中保藏 ，某一夜正逢空襲時段，三祖師托夢給王耆老：「吾為接炸彈手指已傷」，隔天王耆老急打開衣櫃一瞧，三祖師右手指真斷了一截 ！塗庫清水祖師庇佑里民神威之事再添一樁。